در پی شرکت سید محمد خاتمی در انتخابات نهمین دوره مجلس شورای اسلامی بسیاری از سایت ها و رسانه ها ضدانقلاب، حملات شدیدی را علیه وی ساماندهی کردند و به این حرکت رئیس جمهور سابق کشورمان به شدت تاختند.

در پی این حملات، خاتمی در یادداشتی که در پایگاه اطلاع رسانی خود منتشر کرد، با توضیح چرایی حضورش در انتخابات، به این حملات، پاسخ داد.

متن کامل این یادداشت، به شرح زیر است:

 
"با وجود سختی و پیچیدگی این مسأله انتظار ندارم که همگان از توضیحات من قانع شوند، بخصوص که محدودیت ما در اطلاع رسانی فضایی را از هر طرف ایجاد کرده که هم توقعاتی خارج از امکانات و مصلحت مطرح می شود و هم تبیین کامل آسان نیست.

وجود چنین ابهام ها و پرسش ها در فضای عمومی به ویژه از سوی کسانی که در این سال ها متحمل مشکلات و محدودیت های گوناگون و هزینه های سنگین شده اند امری طبیعی است. من نمی توانم از کنار این پرسش ها و تحلیل ها و احساسات پاک آسیب دیده بی تفاوت بگذرم و احترام خود را به ناقدان و حتی مخالفانم تکرار نکنم. با ذکر این نکته که بحث تفصیلی در این باب به مجال مناسب تر واگذار می شود چند نکته را یادآور می شوم.

عزیزان
اقدام من از منش و بینش سیاسی و فکری من و آن چه به آن باور دارم و پای بندم ریشه می گیرد. من از موضع اصلاحات و در جهت نگاه داشت روزنه های اصلاح طلبی که آن را مهم ترین و بلکه تنها راه سربلندی کشور و دست یابی به آرمان های اصیل انقلاب و تأمین حقوق مردم و مصالح ملت می دانم و نیز برای دفع مخاطرات و تهدیدهای درونی و بیرونی اقدام کرده ام. هدف ممکن و مطلوب، بازگرداندن امور به موقعیتی است که در آن مصلحت کشور و خواست های اساسی و تاریخی مردم اصل قرار گیرد.

من براساس راهبرد اصلاح طلبانه به آشتی ملی و بازگشت به آرمان های اصیل انقلاب و قانون اساسی و ایجاد فضای همدلی و مشارکت همگان دعوت کرده و می کنم و انتظار داشته و دارم که همه با اسیر نماندن در گذشته و با نگاه به آینده روند تازه ای را در کشور آغاز کنند. تأکید اصلاح طلبی بر روندها و اقدام های قانونی و غیر خشونت آمیز به این معنا نیست که اصلاح امور کشور بدون پرداخت هزینه میسر است. اما در هر اقدام سیاسی در نظر گرفتن مصالح و شرایطی که نیروهای فعال در داخل کشور با آن مواجه اند ضرورت دارد. در مورد انتخابات مشارکت فعال و معرفی نامزد طبعاً در گرو وجود شرایط مناسب است. مصالح بزرگ تر کشور و اصلاحات مقدم بر ملاحظات شخصی است و اقتضائات خاص خود را دارد. تعیین استراتژی عدم معرفی نامزد و ارائه لیست هیچگاه به معنی تحریم انتخابات نبود و می بایست این امر را در عمل اثبات کنیم تا با گرفتن هرگونه بهانه ای از بدخواهان روزنه ای برای امکان مفاهمه بیشتر با تکیه بر حقوق و مصلحت مردم و پیشرفت واقعی کشور باز شود.

امیدوارم درک مشترکی از شرایطی که در آن قرار گرفته ایم به وجود آید. تردیدی ندارم که احساسات و داوری ها در زمان مناسب می تواند به آنجا برسد که به جای هرگونه توجیهی، چه از سر افراط و چه از سر تفریط، درستی تصمیم هایی در جهت منافع و مصالح ملی و پیشبرد اصلاحات در درون نظام جمهوری اسلامی گرفته می شود اولویت پیدا کند و ان شاء الله گشایش در کارها فراهم آید."